No século XVI, encontramos a Europa dividida em dois blocos opostos: uma Europa conservadora, do lado de Roma, e uma Europa contestatária, contra Roma.

Em Portugal, a Inquisição ganha forma no reinado de D. João III, quando o governo se apercebe que os cristãos-novos continuavam a ser judeus, ou seja, estavam a cometer um crime apostasia, punido com pena de morte, assim como o confisco dos seus bens.

Foi no início do reinado de D. Manuel, que se deu a expulsão e conversão dos judeus aos Cristianismo. Aqueles que não quiseram aceitar a nova religião tiveram que sair do reino até ao final de Outubro de 1497, um ano depois de ter sido assinado, em Muge, a ordem de expulsão dos judeus e dos mouros (5 de Dezembro de 1496). Esta lei foi feita por D. Manuel para casar com D. Isabel, filha dos Reis Católicos (o que acabou por acontecer em Valência nos primeiros dias de Outubro).

O primeiro baptismo colectivo dos judeus ocorreu a 26 de Março. Vemos, assim, surgir os cristãos-novos. Ficaram proibidos de casar entre si, de possuírem livros em hebraico e de continuarem com as suas práticas judaicas. Só em Setembro, os judeus mais resistentes se converteram, juntando-se em Lisboa para receber o baptismo.

Em 1531, D. João III inicia o processo de organização da Inquisição pedindo licença ao Papa. A bula da Inquisição foi emitida, cinco anos depois, em 1536.

A censura intelectual caía sobre os livros que eram produzidos e vendidos em território nacional e sobre os livros que vinham do estrangeiro repletos de ideias da Europa contestatári, repudiadas pelo Portugal desta altura.

A Inquisição tinha um duplo estatuto: o tribunal eclesiástico, que funcionava com poderes confiados pelo Papa, com o objectivo de perseguir a heresia e os hereges; e o tribunal da coroa, onde o inquisidor-geral era nomeado pelo Papa sob índice do rei, e os membros do Conselho Geral designados por este inquisidor Geral.

Este duplo estatuto da Inquisição permitia o controlo do clero, colocando os inquisidores num plano superior, e o controlo e disciplina da população, impossibilitando esta de cometer qualquer heresia.

Para concluir, o maior número de condenados à morte recaiu sobre os cristãos-novos.