D. João IV, o Restaurador
O crescente descontentamento com a dinastia filipina, originou a revolta dos civis, apoiando desta maneira D. João para seguir na linha de sucessão ao trono português. A 1 de Dezembro de 1640, deu-se a Restauração. A 6 de Dezembro, D. João chegou a Lisboa, e a 15 deste mesmo foi aclamado rei no Terreiro do Paço.
«Sábado, primeiro de Dezembro de 1640 (dia memorável para as idades futuras), a nobreza da Cidade de Lisboa, para remédio da ruína em que se via, e ao Reino todo, aclamou por Rei o duque de Bragança Dom João, príncipe begniníssimo, magnânimo, fortíssimo, piedoso, prudente, nos trabalhos incansável, no governo atento, no amor da república cuidadoso, de seu acrescentamento ardentíssimo, e vigilante, legítimo sucessor do Império Lusitano.»
D. João IV faleceu a 6 de Novembro de 1656. D. Luísa de Gusmão ficou como regente do reino até D. Afonso atingir a maioridade. Entretanto, tentou, por várias vias, sugerir D. Pedro, como o próximo rei, nomeadamente, dando-lhe o mesmo tratamento, que se dava um rei. De facto, o seu destino estava traçado. Viria a ser rei após tirar o seu irmão do caminho que o levava ao trono português. D. Afonso não ignorou as predilecções da mãe com o seu irmão, ordenando-lhe que se recolhesse longe da corte.