O despoletar de dúvidas na arte
Na segunda metade do século XX, as tábuas entraram no Museu Nacional de Arte Antiga para serem restauradas, pois estavam em muito mau estado. Aqui, são radiografadas nesse mesmo ano para se proceder à sua restauração com segurança. No entanto, as radiografias não deram muita informação. Também submetidas, provavelmente, à luz rasante, as pinturas revelaram alguns relevos. Com fortes suspeitas de pinturas subjacentes começa-se a fazer o levantamento de camadas de pintura e, assim, surgem pinturas quatrocentistas. Esta situação levou a um impasse: manter as pinturas quinhentistas ou removê-las e tornar visíveis as pinturas quatrocentistas. É necessário salientar as limitações por parte do raio X em dar informação sobre as quatro tábuas de Tavira, o que é bastante frustrante para os historiadores de arte, que consideram o raio X um dos melhores métodos para analisar as obras de arte de forma simples.
Em 1955, surge, novamente interesse por estas pinturas, o que vai levar a várias radiografias até à década de 60. Ao contrário do que tinha acontecido quando foram descobertas e observadas no Museu Nacional de Arte Antiga, as radiografias permitiam uma melhor interpretação, pois mostraram a pintura quatrocentista.
Em 1961, chega-se à conclusão que se deve proceder ao levantamento completo da pintura quinhentista e deixar exposta a pintura quatrocentista, argumentando que a sabedoria do pintor da obra tinha sido ignorada e que as obras do século XV tinham melhor qualidade. No entanto, não se sabe bem porquê, só as pinturas de S. Pedro e S. João sofreram o processo de remoção das pinturas quinhentistas.