Presenciamos, da perspectiva do observador, Jesus Cristo e doze apóstolos sentados no lado posterior de uma mesa composta com todos os utensílios (pratos, copos, bandejas) e alimentos (pão, peixe, carne de cordeiro, ervas amargas) para se realizar a ceia.

A mesa pintada por Leonardo da Vinci era comprida e estreita, igual àquela que os monges de Santa Maria delle Grazie tomavam as suas refeições. Também a toalha branca que cobre a mesa era parecida com a que os monges usavam.

Estão treze pessoas sentadas à mesa, em que se destaca Jesus Cristo, ao centro, e os doze apóstolos, ao seu lado. Leonardo retratou o momento após Jesus Cristo anunciar que um dos seus discípulos sentados à mesa com ele o vai trair.

Iconográficamente, Jesus Cristo encontra-se com os braços abertos, com uma expressão facial e corporal de tranquilidade, harmonia e calma, formando o eixo central da composição. A janela central que se encontra atrás deste mostra um arco redondo, interpretado por muitos como uma auréola.

Os apóstolos agrupam-se em quatro grupos de três, seis à direita e seis à esquerda de Cristo. Da esquerda para a direita encontra-se: no primeiro grupo, Bartolomeu, Tiago Menor e a André, no segundo a Judas Iscariotes, Pedro e João, no terceiro Tomé, Tiago Maior e Filipe e no quarto grupo estão Mateus, Simão e Zelote. Atrás deles vê-se três janelas abertas para o mundo lá fora.

Na obra, como já foi dito anteriormente, vemos uma cena de grande agitação construída pelos apóstolos. Cada um está representado com uma expressão que lhe é característica, com uma atitude que o define na composição.

Leonardo da Vinci teve uma enorme preocupação com os elementos que intervêm na iconografia das personagens. Ele elaborava mentalmente ao pormenor a sua personagem e começava uma busca por sítios onde pudesse encontrar o modelo mais adequado ao que idealizou. Quando o encontrava, observava-o atentamente de uma forma a retirar todos elementos que o caracterizam para aplicá-los na personagem. A representação do carácter através da alma e do corpo era muito importante para o pintor. O «Quem é?» é uma pergunta que deve ser respondida com veracidade